曾国藩对绿营的编制方面也进行了改弦更张。湘军的编制以营为基本作战单位，营以下设哨，哨以下陆师为队，水师为船，马队为棚。湘军之始，营以上不再设官，各营全辖于曾国藩一人。其后营数增多，才有统领和分统的称谓。曾国藩要求以将必亲选、兵必自找、层层节制的原则组建军队，自统领至兵勇都是逐级进行募选，改变了绿营中“兵与兵不相知，兵与将不相习”的弊病，但也明显暴露了建立私家军队的用心，并从此就开创了近代中国“兵为将有”的先例，军阀拥兵割据的局面也就初显端倪了。
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曾国藩在治军方略上苦费心机，主张用儒家学说治军，即用封建伦理纲常去教育官兵，以仁礼忠信作为治军之本去陶冶官兵，他的目的就是要以此来维系军心，培植出一支完全绝对服从于自己的私家军队。所以他认为，“用兵者必先自治，而后制敌。”
戚继光说过，练兵必从军礼训练入手，“军中名分，须从军礼为始”。曾国藩十分信服这一原则，他在日记中写道：“孟子曰：‘君子以仁存心，以礼存心’。守是二者，虽蛮貊之邦可行，又何兵勇之不治哉？”因此，他明确指出：“带勇之法，用恩莫如仁，用威莫如礼。”很明显，曾国藩治军的最终目的，就是要把孔孟的“仁”、“礼”思想贯穿于官兵的头脑之中，把封建伦理观念和尊卑等级观念融合在一起，将军法、军规与家法、家规结合起来，用父子、兄弟、师生的关系弥补军中上下尊卑等级关系的不足，来减少军中官兵之间的摩擦和抵触情绪。他说，军训之义有二：一曰训营规，二曰训家规。营规是指点名、演操、巡更、放哨，家规是指禁嫖赌、戒游惰、慎语言、敬尊长。若营官能“待兵勇如子弟，待人人学好，个个成名则众勇感之矣”。这样，士兵也就会像子弟对父兄那样忠义孝敬。对将帅的选拔和培养，曾国藩更是极力用仁礼忠信去进行训导，使之成为忠将和良将，以无负君父、国家之望。曾国藩还强调，军营主要是靠将帅的以身作则，做出榜样，以影响兵勇的言行。
曾国藩还提倡“独仗‘忠信’二字为行军之本”，他要求对军队进行教育，“第一教之忠君，忠君必先敬畏官长”。士兵不尊重长官，下级不服从上级，这便是不忠的表现。“信”是处理协调同级关系的准则，曾国藩说，“信以施于同列”，就是要求将帅之间、兵勇之间能够相互信赖，遵守信用，彼此团结，同舟共济。他把“诚”与“信”相联系，还说“诚便是忠信”，“驭将之道，最贵推诚，不贵权术”。
作为将帅的行为准则，曾国藩提出了“勤恕廉明”四字，即“勤以治事，恕以待人，廉以服众，明以应务”。鉴于湘军中普遍存在的骄矜之气，他对诸将帅还以“谨慎”二字相勉。他谆谆告诫部属，务必守个“谦”字“慎”字，戒骄戒惰，从而避免打败仗，招灾祸。另外，曾国藩又强调了传统的“爱民”说，要求将帅对兵勇以“仁礼”相待的同时，还要求军队对百姓以“仁礼”相待。他声称，“官不爱民，余所痛恨”，“爱民为治兵第一要义，须日日三令五申，视为性命根本之事”，“做官以不要钱为本，行军以不扰民为本”。从曾国藩治军的实际情况来看，这些准则在湘军中的实行，的确收到了预期的效果。
www.youxs.org“致人而不致于人”作为战争指导原则
曾国藩所统帅的湘军在镇压太平天国运动的过程中，其指导战争的思想核心是“致人而不致于人”，“慎战”是其基本作战方针，“以主待客，以静制动”，在战略上取攻势，在战术上取守势，是其战略战术的表现方式。
从湘军和太平军当时双方力量的对比来看，湘军的数量长期不如太平军，双方所用武器基本处在同一水平上。出于消灭太平天国的目的，在战略上必须采取攻势，由此曾国藩确定了沿长江进军直下金陵的路线。又虑于太平军数量多，并占据了武汉、安庆、金陵等要地，其主力又长于运动战，所以曾国藩认为，湘军想攻取战略要地，在战术上必须深沟厚垒，以主待客，以静制动，以逸待劳，稳扎稳打。他要求湘军在包围坚城后，不应急攻，而应先筑起围城坚垒，一方面耗尽守城军队的粮食，另一方面又以此吸引援军解围攻坚，使其“如飞蛾之扑烛，多扑几次，受创愈甚”。待敌消耗殆尽、疲惫不堪之时，再与之战，如此就能“成功愈易”。这就被称作“结硬寨打呆战”的作战方法。