北方的清军即将到达扬州，虽然大胜一场，但是南京的威胁并没有解除，无论是北方还是南方，都会有一场恶战。所以永历在下令处死王可真的第二天，便下旨回京。
在永历准备班师回朝的时候，黄宗羲从湖南来信了，如今湖南的情形也是一片大好。就在两个月前，岳州知府李任远经过黄宗羲劝说反正归顺大明以后，立刻引来了湖南满清官府的注意，湖南巡抚金世凯纠集湖南各地清军两万余，号称十万向岳阳进发。初时岳州明军与清军打了两仗，但因兵力差距，两战皆负，只好退回岳阳城中固守。
就在清军想要围攻岳阳的时候，湘西大明“特别军团”攻取了衡阳，而后继续北上，直接威胁长沙。
湖南收复长沙遭受威胁，吓得金世凯赶紧率军回援，但是在回援的路上遭遇明军的埋伏，“特别军团”兵力在四万以上，是清军的一倍，而且战力也不是湖南清军可以比拟的，所以这两万清军基本被围歼，就连金世凯也死在乱军之中。
金世凯一死，湖南清军群龙无首，兵力更是消耗殆尽，当李定国、姚大榜与黄宗羲他们会合的时候，已经基本扫平了湖南全境。
不过湖南虽然复归大明，但是湖北和四川的清军已经闻风而动。原清廷四川总督李英国此时已经调任湖广总督，在闻之湖南丢失以后，立刻从湖北调兵遣将，联合新任四川总督景田，出兵五万进入湖南。
好在李定国、姚大榜早有准备，在湘鄂交界的常德，截住了入湘的清军，半个月之内，两军发生了无数次大小战斗。李国英急于进入湖南，收复失地，但是几战下来，他的军队吃了多次败仗。这时候，九江水军提督张凤和九江总兵赖玉冰率九江清军由洞庭湖南下登陆，准备偷袭明军的后路。
但是九江水军的动向早就被黄宗羲掌握，在他们登陆的地点预备了埋伏，当他们登陆的时候，趁机发起突袭，半天血战后，杀三千余清兵，俘虏一千余人，另外烧毁三十余条艨艟战船，九江水军提督张凤被乱箭射杀，赖玉冰见事不好，率领残余船队逃走。因为明军在洞庭湖上没有水军，所以只能赖玉冰放任逃走。
九江水军被消灭大半以后，常德以北的清军也难以坚持，终于撤回湖北。湖广总督李国英在撤退的时候，一面向清廷报信求救，一面在长江北岸的江陵、监利等地留下重兵，以防止明军渡江北上。
现在大明“特别军团”正与清军隔江对峙，由于没有水军船队，所以明军暂时不能渡江北上进攻湖南，至于下一步计划，需要等晋王李定国和黄宗羲回到南京见到永历皇帝再议。
这就是黄宗羲书信中的内容，永历看后君心大振，心道：姚大榜又在湖南打了胜仗，收复了湖南全境，那么大明现在已经拥有江西、江苏、湖南，还有福建、浙江的部分地方，军队估计已达十五万以上，形式确实是一片大好啊！只要再加一把劲，浙江、福建等地也会收入囊中。
信中的内容还有一点让永历很高兴，那就是李定国和黄宗羲要来了，想一想，自从湘西一别，自己已经与李定国有五个月没有见面了，也不知道他的身体现在怎么样。等他俩回来，一文一武正好可以辅助自己，省得再为身边无人而苦恼了。
回京之前，靳统武曾经提议趁机北渡攻取安庆，从而光复安徽，虽然永历也很想这么做，但是北方清军即将南下，南面的洪承畴时刻威胁着江苏，所以暂时还不能北上。
让永历担心的是自己派出了五个信使前往江北大别山，可是一个月过去了，依然没有消息传回来，刘体纯的江北军团在什么位置，在做什么，都是一无所知。
最后永历在离开池州之前，派出了最后一个信使赶往江北，让他想尽一切办法，必须要与刘体纯联系上，并且命令他向东移动，攻击合肥等地，以牵制南下的清军。
三日之后，永历率领两万清军回到了南京，除了靳统武、干纹等随军大臣外，原池州知府乔贵乐也被永历调入南京，官升四品内阁侍读学士，随君伴驾充当永历的贴身“秘书”。
回到京城后，永历也是一日不得闲，立刻在“应天殿”，也就是过去的两江总督府“定和堂”召开朝会。除了领军在外的大臣，南京四品以上的文武官员全部参加。
一阵鼓乐响过之后，永历乘坐御撵来到宫门处，就听见有人高喊：“皇上驾到，跪——”所有朝臣全部跪下，脑袋点地，不敢乱动分毫。
永历被人抬到“应天殿”，从御撵上走下来，洪熙官在身后紧紧跟随，一直来到玉阶之上，转身在九龙椅上坐好，而后用洪亮的声音说道：“诸位爱卿，请平身！”
“吾皇万岁，万岁，万万岁——”众臣山呼之后，行了三叩九拜大礼，才站起来，然后自动的分成两排。
按照大明宫廷律制，官品在三品以上的官员才有资格在殿内站立，其他品级的官员就只能站在殿外。如今南京城内三品以上的官员并不多，各部各院的主官副官有的还没到京，有的根本就是空缺，所以殿内殿外也不过百十多人而已，殿内的就更少了，只有六个，分别是靳统武、方以智、郎廷佐、干纹、郑基、吕修德六人，显得格外冷清。
郑基和吕修德是随郎廷佐归降大明的前清官员，其中吕修德就是那个被钱三海踹晕的江苏按察使，不过永历见他被人侮辱后，仍然没有任何怨恨，便下旨任命他为正三品太常寺卿，主管礼仪祭祀。至于郑基原任江苏巡抚，现在还没有任命。
永历首先要论功行赏，池州大战以明军全胜告终，消灭了三万清军，自己却损失不到千人，这是明军开始东征以来，绝对没有过的事。
雷老虎自告奋勇深入山洞点燃火药，差点英勇牺牲，当居首功，永历让他上殿觐见，下旨封他为正四品武义将军，将“掷弹营”扩编为三个营，共三千人，由雷老虎任团长之职。
利用山洞引爆火药炸塌小山的计策，其实是乔贵乐的主意，只不过是永历受人启发而已。不过好在人家很会做人，也不说破，而是到处宣扬这主意是万岁爷想出来的，使永历的声望在池州，乃至江南的百姓心目中又上升了一个档次，所以永历非常欣赏乔贵乐。故此这次朝会上也当众下旨，升任乔贵乐为四品内阁侍读学士。
接着方以智以内阁大学生身份，请示永历将南京各部各院衙门办公地安置于何处。大明还都南京，各个衙门必须要尽快复建，否则责任不清，政务难以处理。
南京城原来的六部衙门早就被民宅占据了，永历不忍让百姓迁居，尤其是对前世的“强拆”深恶痛绝，于是问了南京城内还有没有空地。
郑基原任江苏巡抚，对南京城最熟悉不过，他主动提出可以将六部各院衙门建在城西，那里有一大片空地，不过就是距离莫愁湖不远，地势低洼，在雨季容易被洪水倒灌。
永历想一想，与民争地要失去民心，做官的本来就是为人办事的，办公的地方差点也无所谓，省得以后天天以“官老爷”自居。于是便同意郑基的建议，在城西重建各部各院衙门，还特意嘱咐地基一定要加高，省得雨天被水淹了。
接着方以智又上奏了一件事，就是南京光复以来，大明还都南京，可是南京却还没有官府。“天子脚下”一定要保证太平，而且将来权贵大多会居住在这里，没有一个称职的京城府尹，恐怕难以控制首都。
那么用谁好呢？永历心中默默地想起几个人，第一个是身在南昌的江西巡抚金川，第二个是新近归降的前江苏巡抚郑基，第三个是干纹，还有王紫山、杨厚才等人，不是资历不够，就是太过年轻，难以服众。
金川还不能动，江西是明军的大后方，那里需要稳定；郑基是降臣，现在还难以完全信任；倒是干纹为人正直不阿，又善于处理政务，不如就升他为“应天府尹”，为朕治理京城。
南京在大明开国初，太祖皇帝曾经改其名为“应天府”，所以南京的地方最高长官应该叫做“应天府尹”。
打定主意以后，永历当即宣布干纹任正三品“应天府尹”，郑基任正二品“都察院左都御史”，于是二人不偏不倚都升官了。
处理完这些事情，永历想起各地是否有消息传回，这才出言相问。
这些天由方以智和郎廷佐坐镇南京，而郎廷佐虽为降官，这些日子已经不显“尴尬”之态了，与方以智合作的不错，两人将各地呈报上来的政务一一汇总处理，井井有条。
听到万岁爷询问，郎廷佐不说话，而是看了一眼方以智，意思是还是你说吧。方以智知道郎廷佐是有意突出自己，使他显得含蓄一些，其实何必有这心思，都归降了，现在同殿为臣，为大明朝廷办事，光明磊落不好吗？
不过方以智只是想想，面上没表现出来，由他将收到的消息一一讲了出来。
马云率军一万渡江攻打扬州，前两天送回战报，说是渡江以后，马云向外宣称明军兵力为五万人马，吓得满清扬州知府不敢出城迎战，而是龟缩在城中死守。
但是明军拥有五门大炮和二十门小炮，想要摧毁一段城墙太容易了，经过一天的轰击，明军炸开数个缺口，一拥而入，现已攻下扬州外城，正在强攻内城，不出三日即可攻破扬州城。
永历心说：这马云就是一个“军事天才”！一万人马就能攻下一座坚城，这可不是谁都能办到的。现在算算从传回消息，到今天已经又三天了，估计马云应该能攻破扬州城了，等他回来，朕一定重重赏赐他。
还有一条消息，是张迪派人送回来的。自从永历进入南京以来，一直没有见到张迪，从张迪的下属那里，才得知张迪在半个月前就离开南京去北方了，据说是接到漕帮付君义的消息，张迪才赶往北方的，但是具体去做什么，张迪并没有与任何人说起，所以他们也不知道。
现在张迪传回了消息，永历才知道张迪去做什么了。原来付君义半年前与永历在江宁分别后，回到济宁漕帮黑虎堂，立即宣布脱离燕行天的漕帮，在老帮主的支持下，自建新帮。而燕行天因为要应付福建粮草的事，还来不及对付付君义，所以付君义的新帮便慢慢壮大。
就在一个月前，付君义得知北方清军即将从天津卫南下平叛，他与张迪暗中前往天津卫，说服和买通了天津卫的漕帮部分人，导致北方清军没有足够的船只由运河南下。后来清军水陆并进，走到聊城的时候，付君义在张迪的建议下，亲自带人将运河聊城段的水坝扒开，放走运河水，致使这段运河水枯，船只难以行船，即使是八旗骑兵在泥泞的道路上也是寸步难行。
北方清军好不容易走出了聊城，已是五天之后。在运河与微山湖交汇的地方，清军的船队被船夫带入了微山湖内，然后船夫趁夜集体消失，害得这些北方“旱鸭子”们只好自己操船，因为不熟悉水路，只能微山湖内原地打转。
北方清军统帅穆里玛只好就近抓捕船夫行船带路，就这样，清军又在微山湖内耽误了六七天，这才上路，继续南行。当然这个主意还是张迪出的。
本来天津卫到扬州走运河只需十天左右的时间，北方清军却耗费了一个月，这就是为什么他们迟迟不能南下的原因。
永历听到这个消息以后，高兴的直拍桌子，有付君义和张迪拖着北方清军的后腿，自己还有时间从容布置，等清军抵达江南的时候，一举歼灭之，那么江南就只剩下洪承畴一个顽敌了。
可就在永历高兴的时候，外边传来一声：“浙江急报到——”
永历赶紧宣信使上殿，等拿到加急密信，打开一看，当即吓了一跳。
信上写着：洪承畴北犯苏湖二州，李嗣兴率军迎战，大败之后，生死不明！
“这到底是怎么了？”永历大声叫道。
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