刘国轩不愧为郑经手下头号大将，在石头城下的江面上略吃小亏后，立刻改变了策略，从舞阳门外的港口登陆后，亲率五千郑军疾攻石头山，冯希范则带领其余的一万余人马于舞阳门前列阵，防备明军出城增援石头城。
南京城的众臣们得知石头城被围攻后，无不心急如焚，郎廷佐、方以智立刻以内阁名义调毛八重领军出城救援石头城。可就在毛八重点起五千兵马出城后，立即遭到了郑军的阻击，非但如此，江面上停泊的船队也用“红夷大炮”轰击明军，致使明军损失惨重，毛八重只好撤回城内。
其实石头城并非全无退路，永历在进入石头城之前，便已得知石头山的后山有一条小路可以直通山下，不过却不是回南京城的路，而是通往石头山西方的道路。永历早就想好，一旦石头城不可守，便弃城向西撤退，即使郑军衔尾而追，在不熟悉地形的情况下，也未必能追的上。
石头城的攻防战仍在继续，从半夜打到了黎明，东方拂晓的时候，郑军终于精疲力竭，缓缓撤下山去。趁着这个时间，永历在洪熙官的陪同下开始巡视，看到的是整个城墙甬道之上都布满了尸体，有明军的，也有郑军的，再向城下望去，更是密密麻麻，不知有多少尸体堆积在城下。
永历知道郑军只是下山休整去了，等吃过早饭，肯定还会继续进攻，于是吩咐道：“熙官，尽快打扫战场，收治伤员，让伙房做好饭食端到城上来，朕估计不出半个时辰，他们还会攻上山来。”
洪熙官躬身行礼后离去布置，永历则转身下城，去医治所察看伤兵，到了那里，永历看到有三四百个伤兵，大多身负重伤，截肢的更不在少数。
永历心想：再过一段时间，郑军必然还要攻城，假如要撤走的话，这些伤兵是决不能放弃，看来还是让他们撤走，也好将来少了些顾虑。
于是永历立刻下旨，派出一小队明军帮助伤兵们先从后山的小路撤离，然后才又回到城墙上，与洪熙官一起用只有稀饭馒头咸菜的早餐。
就在永历刚吃下一个馒头，就听到山下传来呐喊的声音，急忙来到城垛向山下看去，发现至少有三千余郑军士兵正从山路上向山上而来。
“快去准备迎敌，这次不要再留着‘手榴弹’了，全给朕用了，那里人多就往那里丢！”永历下令道。
洪熙官领命而去，此时石头城上还有能战的士兵近千人，“手榴弹”还有五十余颗，所以永历有信心再杀伤郑军上千，而后再撤退。
夜晚一战，让郑军死伤了将近三千人，让一向自视甚高的刘国轩难以接受，所以等待天明之后，他重新调集人马，除了留在舞阳门外一万兵马阻击明军出城救援外，剩下的三千精锐作为再次攻城的主力。吃过早饭后，刘国轩披盔戴甲，亲自领军杀上山，势要攻破石头城。
“冲上城去，第一个赏银一千两！抓住假皇帝，赏银一万两！”刘国轩大声喊道，以此激励士兵奋勇攀登。
“咻，咻——”羽箭破空的声音响起，数百支羽箭从石头城上激射而下，郑军只能举起盾牌护住自己，“噗噗”羽箭扎到盾牌上的声音不绝于耳。
石头城上没有“火枪营”，“火枪营”早就全被调往扬州，此时也就永历身边的侍卫有十来杆短枪。
永历将十杆短枪布置在城垛后边，专等郑军士兵爬上城墙之后，一枪毙命。不过十杆短枪只是“杯水车薪”，郑军在接近城墙后，依然使用“搭钩”向城上攀登，因为天色大亮，郑军登城的速度更快了，转瞬之间城墙上已经布满了如同蜘蛛般地郑军士兵。
“倒火油——”洪熙官在弓箭、手榴弹即将用光的时候，终于使出了杀手锏。
成桶的火油倾倒而下，接着被点燃后，城墙下边开始燃起大火，数百郑军在火焰中哀嚎惨呼，结果郑军的攻势又为之一顿。
可没等永历高兴多久，突然从城北面向长江的峭壁上登上一股郑军，手持短刀，****上身，趁明军不备，悄悄地杀掉了哨兵，然后向城门冲去。
洪熙官发觉到郑军意图，就是想要从城内打开城门，好让城外的郑军冲进来，于是急忙带人向城下跑去，准备将那股郑军截杀在城门附近。
在洪熙官下城之前，请求永历赶紧由后山的小路撤走，毕竟石头城随时都可能被攻破，到时再走，恐怕就晚了。
永历也不想成为累赘，城外的大火不会阻挡太长时间，等火焰熄灭，就是郑军登城之时，所以还是尽快撤离的好。
二十个御前侍卫护卫着永历，从西城墙下的一个小门出了石头城，沿着山间的小路向山下走去。
石头山西侧的景色比面对南京城的东侧还要怡人，但永历哪有心思观赏风景，他下令侍卫尽快赶上先行撤出的伤兵，而后绕路回南京城。
可就在这个时候，突然石头山的北方传来深沉的轰鸣声，“轰隆——”接连传来，永历仔细一听，竟然是开炮的声音。
“难道是郑军开始炮击南京城了？如果是郑军利用船队的“红夷大炮”向南京城开炮，南京的城墙肯定要遭到巨大的破坏，郑军会不会趁机入城呢？”永历不免得开始担心起来。
“万岁爷，快看江面！”一个侍卫突然指着长江的方向喊道。
永历闻言转头去看，看到有十余艘大船正向上游移动，而且船尾不时闪出烟雾，好像正在向下游开炮。
“这是怎么了？”永历非常的奇怪，郑军的船队应该是向南京城开炮，怎么跑到南京城上游向下游开炮，而且还有被逼逃跑的迹象。
永历不明所以，想要弄清楚郑军的船队到底发生了什么事，这就需要从石头山的西坡转到面向长江的北坡，于是永历让侍卫跟随自己向北坡走去。
尽管有侍卫出言相劝，希望万岁爷马上下山回南京城，才能保证安全，但是永历急于弄清郑军船队发生了什么事情，还是来到了北坡。
永历爬上了一块巨石，站立于巨石之上，放眼长江，一场江面船队之间的战斗正在激烈地进行着，一方是郑军的船队，另一方竟然是大明——南海海军！
“南海海军？”永历看到了下游船队的旗帜，桅杆上飘扬的金龙旗，那是大明的旗帜，虽然太远看不清楚船上水手的衣装，但永历已经能确定那肯定就是“南海海军”。
三艘巨大的“三桅帆船”冲在最前列，随后是十余艘艨艟战船，尽管在船只的数量上是郑军的一半，但“吨位”却是对方的一倍。就是那三艘“三桅帆船”，三个桅杆的风帆全部张开，正全速向郑军船队的阵营中冲去，凡是落后的郑军船只，皆被“三桅帆船”船舷的一阵排炮打个稀巴烂。
“轰，轰——”三桅帆船追上一只郑军战船，两相比较，郑军战船却只有“三桅帆船”的一半。两船并驾齐驱的时候，郑军战船上的两门“红夷大炮”率先开炮，一炮打在“三桅帆船”之上，在甲板上炸开了一个大窟窿。但是这个损伤并没有使“三桅帆船”停止前进，在两船错身相过的时候，“三桅帆船”的船舷一侧突然喷出十余团火焰，飞射出的炮弹全部打在郑军战船之上，郑军战船顿时被烟雾所笼罩，等烟雾散去，船身被打烂，就连桅杆都折断，坠入了江中，那艘船在江心打着转，失去了控制。
明军的“三桅帆船”并没有减速，而是继续追向下游，而那搜郑军的战船则缓缓沉没于江中。
也许是天祝大明，今天竟然是冬季中少有的西南风，“南海海军”的所有战船全部展开了风帆，船借风势，如一群猛虎般冲向了郑军船队。而郑军船队即使是最大的战船，其“吨位”也只与明军的艨艟战船相当，只有一面正帆和小两面三角帆，速度根本不能与明军的“三位大帆船”相比。
永历知道“三位大帆船”，那是西欧荷兰人的杰作，船体巨大，如果是军船的话，两侧船舷可各装十五门各式大炮，“红夷大炮”在华夏是最大的炮，在欧洲不过是“八磅炮”，还有比他更大的“十磅炮”和“十四磅炮”。而郑军的战船是出于民间工匠之手，仿造的“艨艟战船”，因为“吨位”的原因，却只能在两舷各安放两门“红夷大炮”，所以在“巨无霸”三桅帆船的面前，郑军的船只完全不是对手。
南京城北的长江江面宽阔，水深数十丈，别说“三位大帆船”，就是更大的帆船也一样来去自如。而这宽阔的江面却使郑军船队无处躲藏，在明军强势的火力面前，只能向下游且战且退。
明军的三艘“三桅帆船”在击沉击伤数艘郑军舰船后，终于赶上了郑军的船队，忽然调头横在江中，将郑军的退路拦住。此时“南海海军”的后队也已赶了上来，将郑军船队夹在中间。
“三桅帆船”横在江中，船舷一侧的大炮不断向郑军船队开炮，两轮炮击之后，又有三艘郑军战船被击中起火，其中一艘片刻后就沉入了江底。
十余艘艨艟战船也杀入郑军船队，甚至有的直接冲向郑军战船，用船头的尖角直撞对方的船腹，将郑军战船的船体撕开一个口子，江水立刻涌了进去。还有的明军战船与对方的战船挂靠在一起，然后艨艟战船上的水手用“搭钩”抓住对方的船体，然后飞跃过去，或者在两船之间搭上木板，通过木板冲入郑军战船上，与对方厮杀起来。
郑军船队被明军的艨艟战船冲进阵营后，阵型已乱，只能各自为战，这就给可明军战船各个击破的机会。大江之上，五六十艘战船搅在一起，尤其是三艘“三桅帆船”更是如三头猛虎不停地撕咬着对方，将一艘又一艘郑军战船撕成碎片。
永历看到这一切，如坠梦里，怎么也没想到张水蛟和张煌言的“南海海军”会出现在长江，要知道南海大澳岛距离南京有几千里之遥，“南海海军”要进入长江水域，首先得沿广东、福建、浙江的海岸北上，才能进入长江。可是这一路上，要经过清军的地盘，还要路过郑经的势力范围，最后闯入长江，还需要通过吴淞口。
吴淞口的赵雨海、赵雨宝兄弟反叛后，肯定已经封锁了长江出海口，张水蛟和张煌言竟能通过吴淞口进入长江，这让永历太出乎意料。
此时江面上的战斗胜负已定，永历决定立即赶回南京，也好能及时关注战局，指挥军队。正当永历转身想离开的时候，四个守在四周的侍卫仿佛被什么东西射中，仰面栽倒。
“敌袭——快保护皇上！”侍卫们大喊。
正当侍卫们将永历护在中间，数十个黑衣人突然出现在四周，手中的短弩对准了永历一方。
这时一个让永历非常熟悉的声音从山岩的后边响起——“义兄别来无恙乎？”
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